DNA-menetelmillä tietoa elintarvikenäytteen koko mikrobistosta 

Viljely on yhä yleisin mikrobien analyysimenetelmä elintarvikealalla, mutta suurin harppauksin kehittyneet DNA-pohjaiset menetelmät ovat tuoneet uusia työkaluja mikrobien tunnistukseen. Esimerkiksi PCR-menetelmillä (polymeraasiketjureaktio) voi tunnistaa nopeasti, löytyykö näytteestä tietty mikrobi. 

Reilut kymmenen vuotta käytössä olleet suuren kapasiteetin sekvensointimenetelmät pystyvät tuottamaan näytteestä jopa satoja miljoonia DNA-molekyylien sekvenssejä. Niitä tunnistamalla voi tutkia kokonaisia mikrobiyhteisöjä eli mikrobiomeja. 

− Ennen näitä menetelmiä mikrobeista ei ole saatu yhdellä kertaa tietoa tällä laajuudella, sanoo mikrobiomien analytiikkaa tarjoavan Aluke Oy:n osakas Hanna Sinkko. 

Kun sekvenssejä verrataan genomidatapankkien tietoihin tunnetuista mikrobeista, saadaan tietoa näytteen koko mikrobistosta lajitasolla, ja millaisia toiminnallisia, kuten toksiinia tuottavia geenejä mikrobeilla on. 

Hanna Sinkko...